在首次墙外调查途中，懵懂无知的调查兵团成员遭遇了最为惨烈痛苦的一刻。而就在当时，艾伦•叶卡（三浦春马 饰）被吞噬后竟也异变成巨人，并以压倒性的攻势消灭了其他巨人。幸存者们回到城中，而艾伦则被政府抓住，

在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身